ისტორიული ცნობები ნაჯახავოს ეკლესიის შესახებ არ მოგვეპოვება. ეს ეკლესია არქეოლოგიური გათხრების შედეგად აღმოჩნდა. ჩვენამდე მისი კედლების მხოლოდ ქვედა ნაწილმა მოაღწია. ძეგლის თავდაპირველ თარიღად მკვლევრები VIII-IX საუკუნეებს ვარაუდობდნენ. ბოლო პერიოდის ლიტერატურაში კი ეკლესია X საუკუნით არის დათარიღებული.